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Les microbes sous stress : importance des interactions dans leur résilience

Eric Fouilland (CNRS-MARBEC)

Il est couramment admis que les microorganismes présents dans des milieux soumis à des contraintes chimiques ou biologiques sévères, tels que l'eutrophisation, la présence de composés toxiques ou la présence de prédateurs sont ceux qui semblent le mieux adaptés à ces conditions. On suppose qu'ils possèdent par exemple une forte affinité pour les nutriments, une tolérance élevée aux toxines ou des mécanismes efficaces de défense. Cependant, des études récentes ont mis en évidence le rôle crucial des interactions entre ces micro-organismes, tels que les bactéries et le phytoplancton, dans la capacité des communautés microbiennes à résister à ces contraintes.

Nos recherches ont notamment révélé que dans des écosystèmes fortement perturbés chimiquement, la colonisation par le phytoplancton ne se produit que grâce au développement d'espèces pionnières, opportunistes et résistantes au stress. Ces espèces pionnières modifient alors l'environnement chimique, facilitant ainsi l'installation ultérieure d'autres espèces de phytoplancton initialement plus sensibles au stress. De même, nous avons observé que la présence de bactéries peut réduire la toxicité des composés chimiques, comme les pesticides ou les métaux, sur la croissance des microalgues.

Ces observations expérimentales suggèrent qu'une interaction positive intense entre certaines espèces microbiennes peut survenir dans des conditions particulièrement défavorables. Ces interactions semblent garantir la survie de l'ensemble des micro-organismes impliqués.

The coral microbiome: A glimmer of hope for corals in the Anthropocene (visio)

Amin Mohamed (New York University Abu Dhabi)

Coral reefs are the Earth's most diverse marine ecosystems, providing a habitat for a third of all marine species. These ecosystems are facing unprecedented threats from global anthropogenic impacts such as global warming and local stressors. This resulted in the loss of about half of the coral reef cover since 1950. Corals engage in symbiosis with a diverse community of bacteria, archaea, viruses, and eukaryotic microorganisms, known as the microbiome. Recent research has established the microbiome's pivotal role in coral survival and stress resilience. However, climate change can break down these symbiotic relationships, resulting in disease, bleaching, and coral death. In this talk, I will try to provide an overview of the complexity of the coral microbiome, focusing on taxonomic diversity and functions of well-studied and cryptic microbes, summarize the known mutualistic and antagonistic interactions between corals and their associated microbiomes, and discuss the impact of climate change on these communities.

I will highlight recent advances in coral microbiome research aimed at leveraging microbiome manipulation to increase coral's fitness to help mitigate climate change-driven mortality. Finally, I will show the promise ‘omics data may hold to study coral microbiomes, emphasizing the integrated host–microbiota multiomics framework for understanding the molecular mechanisms during symbiosis and climate change-driven dysbiosis.